Trước khi trở thành đạo diễn, Kore-eda đã từng làm trợ lý đạo diễn cho một phim tài liệu truyền hình. Ông đạo diễn bộ phim tài liệu đầu tiên của mình, Lessons from a Calf vào năm 1991. Từ đó, ông tiếp tục đạo diễn thêm một vài bộ phim tài liệu khác.

Năm 1995, tại Liên hoan phim Venice, bộ phim truyện điện ảnh đầu tiên của ông Maborosi đã giành giải Osella vàng cho quay phim. Tại Liên hoan phim độc lập quốc tế Buenos Aires năm 1999, ông đã giành giải phim và kịch bản hay nhất với After Life.

Năm 2005, ông giành giải phim và đạo diễn hay nhất tại Blue Ribbon Awards với Nobody Knows. Bộ phim Still Walking (2008) của ông cũng giành được nhiều giải thưởng, trong đó có giải dành cho đạo diễn tại Giải thưởng Điện ảnh Châu Á 2009.

Phim Like Father, Like Son (2013) công chiếu và được đề cử cho giải Cành cọ vàng tại Liên hoan phim Cannes 2013. Tuy không chiến thắng nhưng nó vẫn giành được Giải của Ban Giám khảo và nhận được sự tán dương của Ban Giám khảo Giáo hội. Vào tháng 10 năm 2013, bộ phim thắng giải do khán giả bình chọn tại Liên hoan phim quốc tế Vancouver 2013.

Phim Our Little Sister (2015) được đề cử Cành cọ vàng tại Liên hoan phim Cannes 2015 nhưng không giành chiến thắng. After the Storm (2016) ra mắt với sự hoan nghênh của giới phê bình tại hạng mục Góc nhìn đặc biệt của Liên hoan phim Cannes 2016. Ông tiếp tục nhận được giải dành cho đạo diễn tại Liên hoan phim Yokohama với After the Storm. Kore-eda thắng giải dành cho phim và đạo diễn tại Giải Viện hàn lâm Nhật Bản với The Third Murder (2017). Bộ phim cũng được trình chiếu và tranh giải tại Liên hoan phim quốc tế Venice lần thứ 74.

Năm 2018, ông giành Giải Donostia cho những thành tựu của mình tại Liên hoan phim quốc tế San Sebastián.

Năm 2020, truyền thông công bố ông sẽ làm đạo diễn cho bộ phim Baby, Box, Broker. Phim đặt bối cảnh tại Hàn Quốc, với phần lớn diễn viên và thành phần đoàn là người Hàn Quốc.